Wystawa „Kraków – czas okupacji 1939–1945” mieści się w dawnym budynku administracyjnym Fabryki Emalia Oskara Schindlera przy ul. Lipowej 4.
Wystawa jest opowieścią o Krakowie i losach jego polskich i żydowskich mieszkańców w czasie II wojny światowej, ale też o Niemcach – okupantach, którzy pojawili się tutaj 6 IX 1939 i brutalnie przerwali wielowiekową historię polsko-żydowskiego Krakowa. Wielka historia II wojny światowej krzyżuje się tu z życiem codziennym, życie prywatne – z tragedią, która dotknęła cały świat.
Wojenną historię Deutsche Emailwarenfabrik – DEF – i postać jej właściciela Oskara Schindlera przypomniał w 1993 roku film Stevena Spielberga Lista Schindlera. Do dziś jest to miejsce odwiedzane przez turystów ze wszystkich krajów świata, pragnących osobiście znaleźć się tam, gdzie Oskar Schindler uratował ponad tysiąc osób. Jego postać oraz historie ocalonych przez niego krakowskich Żydów są przedstawione na wystawie jako część skomplikowanej wojennej historii miasta. O bohaterskim czynie Oskara Schindlera, przypomina jego gabinet, szczęśliwie zachowany w budynku administracyjnym fabryki, w którym znajduje się symboliczna „arka ocalonych” stworzona z tysięcy garnków przypominających te produkowane przez jego pracowników w czasie wojny.
Zespół scenariuszowy złożony z krakowskich specjalistów (Katarzyna Zimmerer, Grzegorz Jeżowski, Edyta Gawron, Barbara Zbroja), kierowany przez kuratorkę wystawy Monikę Bednarek, przygotował narrację złożoną z dokumentalnych zdjęć, relacji świadków historii, filmów dokumentalnych i prezentacji multimedialnych, które razem tworzą chronologicznie ułożoną wizję dziejów miasta.
W 45 przestrzeniach wystawienniczych przeszłość Krakowa została wykreowana w taki sposób, by każdy ze zwiedzających mógł bezpośrednio dotknąć historii, poczuć emocje mieszkańców miasta okresu wojny. Rozbudowane multimedia (30 interaktywnych stanowisk z monitorami dotykowymi, 70 ścieżek dźwiękowych, 15 wideoprojektorów), tworzą nowoczesną i atrakcyjną dla widza formę przekazu muzealnego.